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#263 Dépister la maladie à coronavirus : quelle est la qualité du test de dépistage?


CLINICAL QUESTION
Quelle est la probabilité d’obtenir un résultat incorrect pour la COVID-19 avec le test de réaction en chaîne de la polymérase (RCP)?


BOTTOM LINE
Si le résultat du test de RCP est positif, vous êtes atteint de la COVID-19 (spécificité d’environ 100%). Des études canadiennes de petite envergure suggèrent que le test dépistera la COVID-19 dans environ 80 à 90 % des cas (sensibilité), bien que les estimations varient entre 50% et 90 %La technique de prélèvement, léchantillon anatomique et le moment du prélèvement influent sur ces chiffresLa probabilité dun faux négatif dépend de la sensibilité et de la probabilité avant le test que la personne soit atteinte de la COVID-19Une personne ayant des radiographies pulmonaires anormales, par exemple, et ayant eu des contacts étroits avec des personnes ayant contracté la COVID-19 présente un risque plus élevé de faux négatifs quune personne asymptomatique.



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EVIDENCE
Données probantes 
  • Patients hospitalisés en Chine : 
    • Étude rétrospective, 1014 patients présentant des symptômes de la COVID-19; tous ont subi à la fois une radiographie du thorax et un test de RCP1. 
      • Utilisation de la radiographie du thorax et des symptômes en tant qu« test de référence » : 
        • Sensibilité du test de RCP : 68% (601/888). 
      • Utilisation du test de RCP en tant qu« test de référence » : 
        • Sensibilité de la radiographie du thorax : 97% (580/601). 
    • Échantillons provenant de divers sites anatomiques : 
      • 866 échantillons prélevés sur 213patients hospitalisés déjà testés positifs2. Sensibilité des écouvillons prélevés de 0 à 7 et de 8 à 14 jours après lapparition des symptômes : 
        • Expectorations: 83% (45/54) et 77% (47/61). 
        • Nez : 72% (158/219) et 58% (130/226). 
        • Gorge : 61% (58/95) et 41% (26/63). 
    • 1070 échantillons prélevés sur 205 patients (évolution de la maladie non signalée)3, 4: 
      • Sensibilité du lavage bronchoalvéolaire : 93 %, des expectorations : 72 %, des écouvillons nasaux: 63 %des écouvillons pharyngés (oraux ou nasopharyngés) : 32 %. 
  • Alberta (30 patients externeset Toronto (53patients hospitalisés) : premier écouvillon nasopharyngé positif, nouvel écouvillonnage 10 ou 11 jours après lapparition des symptômes. Sensibilité 5, 6: 
    • Nasopharyngé : 90%. 
    • Gorge : 87%. 
    • Nez : 80%. 
    • Salive : 77%. 
  • Limites les études étaient de mauvaise qualité ou n’avaient pas fait l’objet d’une évaluation par les pairs; il n’y avait aucun test de référence7 pour la COVID-19; les techniques d’échantillonnage n’étaient pas toujours indiquées. 
Contexte 
  • Le prélèvement, l’entreposage et le transport inappropriés des échantillons sont probablement les facteurs qui contribuent le plus aux faux résultats négatifs8-10. 
  • La probabilité de faux négatifs dépend à la fois de la sensibilité et de la probabilité avant le test (le risque d'avoir la maladie). 
  • Les sensibilités du test de la RCP se situent entre 90 % et 50 %. 
    • Si la probabilité avant le test est de 10 % ou moins (p. ex. : patient présentant des symptômes minimaux dans la collectivité) : les faux négatifs varient de 1 % à 5 %. 
    • Si la probabilité avant le test est d’environ 80 % (p. ex. : patient hospitalisé avec des résultats de radiographie et une exposition connue) : les faux négatifs varient de 8 % à 40 %. 
  • Bien qu’il ne s'agisse pas d’un indicateur fiable de la prévalence, les taux de positivité des tests de dépistage de la COVID-19 sont constamment inférieurs à 10 % au Canada11. 


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Author(s):

  • Christina Korownyk MD CCFP
  • James McCormack PharmD

1. Ai T, Yang Z, Hou H, et al. Correlation of Chest CT and RT-PCR Testing in Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) in China: A Report of 1014 Cases. Radiology. 2020 Feb 26: 200642. https://doi.org/10.1148/radiol.202020064210. [Epub ahead of print]

2. Yang Y, Yang M, Shen C, et al. Evaluating the accuracy of different respiratory specimens in the laboratory diagnosis and monitoring the viral shedding of 2019-nCoV infections. med Rxiv preprint. http://doi.org/10.1101/2020.02.11.20021493. Accessed May 13, 2020.

3. Wang W, Xu Y, Gao R, et al. Detection of SARS-CoV-2 in Different Types of Clinical Specimens. JAMA. 2020; 323(18):1843-1844.

4. Carver K, Jones N. Comparative accuracy of oropharyngeal and nasopharyngeal swabs for diagnosis of COVID-19. CEBM. https://www.cebm.net/covid-19/comparative-accuracy-of-oropharyngeal-and-nasopharyngeal-swabs-for-diagnosis-of-covid-19/ Accessed 13 May 2020.

5. Berenger B, Fonseca K, Schneider A et al. Sensitivity of Nasopharyngeal, Nasal and Throat Swab for the Detection of SARS-CoV-2. Med Rxiv preprint.  https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.05.05.20084889v1.full.pdf Accessed May 10, 2020.

6. Jamal A, Mozafarihashjin M, Coomes E, et al. Sensitivity of nasopharyngeal swabs and saliva for the detection of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Med Rxiv preprint. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.05.01.20081026v1.full.pdf  Accessed May 10,2020.

7. Cheng MP, Papenburg J, Desjardins M, et al. Diagnostic Testing for Severe Acute Respiratory Syndrome-Related Coronavirus-2: A Narrative Review. Ann Intern Med. 2020 Apr 13. doi: 10.7326/M20-1301. [Epub ahead of print]

8. CDC 2019-Novel Coronavirus (2019-nCoV) Real-Time RT-PCR Diagnostic Panel. https://www.fda.gov/media/134922/download. Accessed 10 May 2020.

9. WHO. Laboratory testing for coronaviruse disease (COVID-19) in suspected human cases. https://apps.who.int/iris/rest/bitstreams/1272454/retrieve. Accessed 10 May 2020.

10. Lippi G, Simundic AM, Plebani M. Potential preanalytical and analytical vulnerabilities in the laboratory diagnosis of coronavirus disease 2019 (COVID-19). Clin Chem Lab Med. 2020 Mar 16. doi: 10.1515/cclm-2020-0285. [Epub ahead of print]

11. Government of Canada. Coronavirus disease (COVID-19): Outbreak update.https://www.canada.ca/en/public-health/services/diseases/2019-novel-coronavirus-infection.html#a1 Accessed May 10,2020. 

Authors do not have any conflicts of interest to declare.